《侠盗猎车手：圣安地列斯》重制版在初期版本中存在多处动作和物理表现异常难题。例如，早期版本中人物坐在台阶上的动画存在明显穿模：人物模型未正确绑定坐姿骨骼，导致臀部悬空、双脚离地，仅保留壹个固定站姿动作，未适配坐姿受力逻辑。后续更新已修复该难题，当前版本中人物可天然落座于台阶表面。

摩托车驾驶动画同样故事调整。初始版本中，主角CJ十根手指头未和车把模型绑定，呈现悬浮情形，造成“意念操控”式骑行效果；现版本已修正手部骨骼权重和IK约束，十根手指头可准确贴合车把，但部分坐姿角度仍略显僵硬，尚未完全还原原版天然重心偏移感。

船只操作方面，切换电台时的动画冲突难题到现在未被修复。玩家在驾驶快艇经过中切换广播频道，会导致人物上半身在“握舵”和“调频”两个动作间高频闪切，产生明显动作撕裂现象，影响操作沉浸感。

沙尘暴天气下，沙粒粒子特效存在碰撞体缺失难题：沙尘动画可穿透机库墙体和屋顶，直接出现在封闭室内空间。该视觉穿模虽不影响功能，但暴露了环境遮挡判定未正确启用，当前版本仍未修正。

前往第三座城市体育馆的必经之路——拉斯文图拉斯高速入口附近地面持续冒出不明烟雾。经比对原版游戏数据发现，该区域本应存在井盖模型，而重制版遗漏了该静态物件及对应材质，导致引擎误将地面贴图的热浪扰动效果渲染为持续性烟雾，此难题在新鲜版本中依然存在。

饮品交互动画亦存在设计疏漏：人物饮用瓶装饮料时，模型会将瓶口直接对准额头中心倾倒，液体沿前额垂直流下，而非按常理朝给口部。该动作逻辑违背基础物理和人体工学，且自首发版本起延续到现在，未作任何优化调整。